קבלת תשלומים וניהול חשבוניות באינטרנט הפכה להיות אחת הדרכים המועדפות על בעלי עסקים קטנים ועצמאיים לנהל את עסקיהם בצורה ממוחשבת כמו עסקים גדולים ובעלות נמוכה אף ממה שהיו רגילים באמצעות פנקסי קבלות וחשבוניות.
מזה מספר שנים שרשויות מס הכנסה והמע"מ מאפשרות שימוש בחשבוניות אלקטרוניות עם חתימה דיגיטלית במסמכי המקור של חשבוניות מס או קבלות. החתימה האלקטרונית מבטיחה כי המסמך אכן הופק על ידי נותן השרות או בעל המקצוע ששלח אותו , ולא ניתן לזייף אותה באמצעים רגילים.
החשבונית עצמה יכולה להשלח כקובץ PDF מוחתם ותוכנת אקרובט תתריעה כאשר החתימה אינה אותנטית! מה שמסמן שקובץ המקור שונה.
כאשר מדוהר על תוכנות הנהלת החשבונות באינטרנט קיימים שני סוגים עיקרים אותן ניתן למצוא כיום (מסיבות מובנות, לא ציינו שמות של תוכנות ספציפיות):
תוכנות מדף הן תוכנות רגילות שאמנם פועלות חלקית דרך האינטרנט, אבל בסופו של דבר, נמצאות על המחשב המקומי של בעל העסק. יתרונן שהן נותנות לבעל העסק את השקט הנפשי שהנתונים נשמרים אצלו ולא אי שם בענן האינטרנט, אולם החיסרון המרכזי שלהן הוא שהן בדרך כלל מבצעות גיבוי חלקי של הנתונים ברשת או נמצאות רק על המחשב המקומי. לעיתים ייתכן גם כי כל מחשב חדש שבו ייעשה שימוש בתוכנה, יגרור אחריו גם קניית רישיון נוסף בסך של כמה עשרות או מאות שקלים לחודש.
מרבית תוכנות המדף כיום תומכות בחתימה אלקטרונית הישר מן הקופסה, או באמצעות מודל הרחבה (שגם הוא עלול לגרור הוצאות נוספות).
כאן כבר מדובר בדור החדש ביותר של תוכנות מקוונות להנהלת חשבונות. תוכנות אלו פועלות ברשת האינטרנט והן למעשה אתר אינטרנט בפני עצמו. המשתמש בדרך כלל ישלם רק לפי כמות השימושים שעשה בתוכנה בפועל.
היתרון הגדול של תוכנות הפקת חשבוניות וקבלות באינטרנט שהן יכולות להיות מופעלות מכל מחשב ומכל נקודה על פני כדור הארץ, הן אמינות ובעל העסק מקבל שידרוגים וגיבויים באופן אוטומטי.
תוכנות אלו כמעט תמיד תומכות בחתימה אלקטרונית ושליחה של מסמך המקור ב- PDF אל כתובת הדואר האלקטרוני של הנמען / הלקוח. במקרים רבים, החתימה האלקטרונית מתווספת באופן שקוף למשתמש ,והוא אינו צריך לסרוק חתימה ידנית או לבצע שום פעולה נוספת על מנת שהחתימה שלו תוכר כחתימה אותנטית.
לא חשוב אם אנו משתמשים בתוכנת חשבוניות על גבי המחשב או בענן חשוב תמיד לשמור את כל המסמכים וליצור או לקבל קבצי גיבויים לכל החשבוניות. חשוב לדעת שתמיד ישנה אפשרות שכל מידע ברשת או על גבי מחשב יכול ללכת לאיבוד. מסיבה זו, כל תוכנות הנהלת החשבונות ברשת מציעות גם אפשרות להדפיס העתקים של החשבוניות והקבלות על גבי נייר או להוריד לקובץ את כל המידע החשוב. (לפי החוק, בעל העסק חייב לנהל תיעוד של כל העותקים על גבי אמצעי אלקטרוני או בספרים). מומלץ כי בעלי עסקים קטנים כגדולים, יעשו לעצמם מנהג קבוע להדפיס כל חשבונית או קבלה , ואילו רק לשם הביטחון.